Quan niệm về ba thế giới: Cũng như các vùng trong xứ Quảng, cư dân Hội An lưu hành phổ biến quan niệm về ba thế giới, ba cõi: Trời, Người, và Cõi âm. Trời là thế giới linh thiêng ở trên cao, là nơi ngự trị của Ngọc Hoàng Thượng đế (dân gian quen gọi là Ông Trời) và các vị thần, phật, chỉ những người đức độ, hiền lành sau khi chết mới được dự vào.Thế giới người sống là cõi dương, dương thế. Sau khi chết, con người vào thế giới khác là cõi âm hay âm phủ, ở sâu dưới lòng đất. Âm phủ là thế giới tối tăm, lạnh lẽo, nơi đó diễn ra sự phán xử, sự trừng phạt những hành vi tội lỗi của con người lúc còn trên  dương thế. Quan niệm này chịu ảnh hưởng nặng nề của giáo thuyết Phật, Đạo. ảnh hưởng này còn thể hiện ở sự lưu truyền rộng rãi của thuyết định mệnh, thuyết nhân quả, thuyết âm dương - ngũ hành trong đời sống tinh thần của cư dân. Ở vùng trung tâm phố thị ảnh hưởng này có phần sâu đậm hơn ở các vùng nông thôn. Điều này chứng tỏ rằng quan hệ giao lưu ở trung tâm phố thị diễn ra mạnh mẽ hơn. Một hiện tượng cũng cần chú ý là, khi gia nhập vào địa phương, ý nghĩa triết học của các thuyết này đã được dân gian hóa. Dân gian chỉ giữ lại những yếu tố, những quan niệm phù hợp với đặc trưng tâm lý và văn hóa địa phương.
   Một số dấu vết tín ngưỡng lạ: Trong quá trình khảo sát, điền dã, chúng tôi gặp một số hình thức thờ cúng rất lạ. Tại thôn 7, xã Cẩm Hà, còn một ngôi miếu nhỏ, được lập nên để thờ một phiến đá. Tư liệu dân gian về hiện tượng thờ cúng này rất hiếm hoi, họ chỉ biết rằng đó là miếu bà Vàng. Bà Vàng hoặc Dàng là sự việt hóa từ Y-ang của cư dân Chàm. “Y-ang” tiếng Chàm có nghĩa là linh thiêng, thần thánh. Căn cứ tư liệu thực địa và tư liệu dân gian chúng ta có thể xác định rằng đây là dấu vết của tục thờ đá - hình thức tín ngưỡng gắn với thời kỳ sơ khai. Thờ đá là hiện tượng tín ngưỡng xuất hiện phổ biến ở khu vực Đông Nam á. Một số dân tộc vùng cao hiện nay cũng còn giữ tục lệ này. Cư dân Việt cổ trước đây cũng có tục thờ đá, dấu vết còn lưu lại ở việc sùng tín các viên đá cầu tự ở chùa Hương, chuyện Hòn Vọng Phu, việc thờ đá ở “Thạch quang âm” tại Chùa Dâu, Hà Bắc...
  Do sự gần gũi về tín ngưỡng nên hình thức thờ tự này của cư dân Chàm được cư dân Việt tiếp thu và bảo lưu cho đến nay.
    Ở Lai Nghi (thuộc Phường Thanh Hà) trước đây có miếu Ông Đá. Tư liệu dân gian cho biết rằng, trong miếu thờ một phiến đá hình trụ, cao khoảng 0,5m. Khi đau ốm cư dân quanh vùng thường đến cúng vái, lấy một ít mảnh của phiến đá thờ mang về sắc uống trị bệnh. Di tích này đã bị san bằng. Hiện nay còn lại tục danh cống Ông Đá dùng để chỉ một chiếc cống thoát nước bên cạnh miếu. Đây cũng là dấu vết của tục thờ đá như đã nói ở trên.
+ Tục thờ đá bùa: Cùng với tục thờ đá, tại Hội An hiện còn lưu giữ nhiều phiến đá chạm khắc các hình tượng bùa chú để trấn yểm phong thủy, cầu mong cát tường. Dân gian địa phương gọi đây là các ông Bùa với thái độ e dè, kính sợ. Các ông Bùa này thường được đặt ở những nơi có hiện tượng thủy phá (nước xói lỡ), nơi có các hiện tượng bất ổn về đất đai, về sinh hoạt, nơi có vị trí xấu như đường thọc thẳng vào nhà, vào đình miếu, nơi ở có góc cạnh,... Ngoài các hình bùa chú, hình hổ phù, hình sao bắc đẩu, các câu chú như “úm ma ni bát mê hồng” “Thần thạch trấn thủy”... những phiến đá này phổ biến khắc ba chữ Thạch cảm đương (đá linh ứng) bằng chữ Hán, kiểu chữ triện hoặc chữ  chân.
   Ở khu vực nông nghiệp, cư dân địa phương còn lưu giữ một số dấu vết tín ngưỡng có màu sắc sơ khai. Tục xô cổ khi tế đình mang bóng dáng tín ngưỡng phồn thực. Tư duy lưỡng hợp kiểu đực - cái, sấp - ngửa, tối - sáng, mưa - nắng, âm - dương lưu hành phổ biến trong đời sống tinh thần của cư dân địa phương, chi phối mạnh mẽ các hoạt động văn hóa của họ. Do vậy, bên cạnh lăng Ông thường có lăng Bà, bên cạnh trống chầu tượng trưng tính dương có bu lu tượng trưng tính âm, bên miếng ngói sấp có miếng ngói ngửa, bên ông thiện có ông ác... tư duy lưỡng hợp này là cơ sở tinh thần để cư dân địa phương dễ dàng tiếp thu triết thuyết âm dương từ Trung Hoa nhập vào sau này.
+ Tục cúng thần đất, cúng cơm mới hiện nay vẫn còn bảo lưu tại Hội An liên quan ít nhiều đến tín ngưỡng của cư dân nông nghiệp thời kỳ sơ khai. Việc thờ thần đất - vị thần cai quản ở từng khu vực, từng mảnh đất là hiện tượng phổ biến ở Đông Nam Á. Tục cúng cơm mới gắn liền với tín ngưỡng cây lúa, được lưu truyền ở hầu hết các tộc người trên nước ta. Sau khi cúng, cư dân địa phương có lệ cho chó ăn trước. Hiện tượng này được lý giải bằng sự tích cúng cơm mới. Sự tích cúng cơm mới lưu hành tại địa phương có những điểm gần gũi với sự tích lúa về khi của dân tộc Triêng, Catu, Cadong...
  Ở làng An Bàng, xã Cẩm An hiện nay vẫn còn lễ cúng phác nác. Do trải qua quá trình phát triển lâu dài, cộng với nhiều lần chuyển đổi nên hiện nay cư dân gọi chệch là “phác lác” và giải thích bằng việc dỡ lác làm ruộng của ông tổ làng An Bàng. Khi cúng có nghi thức đặt trên chiếc chiếu trước bàn thờ bên bờ biển 2 chiếc đòn gánh, tréo nhau hình dấu nhân (x). Khi lạy xong, chủ tế cầm 2 đòn gánh lên, dằn mạnh xuống chiếu. Các lại ghe đứng xung quanh, khi đòn gánh văng xuống thì nhất loạt dạ to 1 tiếng giống như tiếng reo hò. Lễ “phác lác” là cách gọi chệch của lễ phác nác, một tục lệ gắn với tín ngưỡng nông nghiệp của cư dân Việt cổ. Phác nác có nghĩa là mở giòng nước, mở ra một thời vụ mưa thuận gió hòa. Nghi thức dằn 2 cây đòn gánh xuống chiếu để chúng văng ra, tách ra, mở ra có nét gần gũi với nghi thức chèo ghe cắt sợ dây chăng ngang qua sông trong các lễ phác nác xưa. Qua tục lệ này ta thấy được cội nguồn nông nghiệp của cư dân ven biển tại địa phương và tính bảo lưu mạnh mẽ một số tục lệ cổ xưa của cư dân bản địa. Do sau này, ngư nghiệp tách thành một số nghề riêng nên cư dân ven biển đã gắn vào tục lệ này với ý nghĩa mới, nội dung mới thích ứng với nghề nghiệp hiện tại của mình...