Về vị trí, để phù hợp với tính chất trên, không gian linh thiêng này được chọn ở vị trí trung tâm của ngôi nhà.
Về bài trí: Rất phong phú, tùy mức độ kinh tế của chủ nhà. Những nhà khá giả, ngoài chức năng tín ngưỡng, không gian này còn được bài trí nhằm phục vụ chức năng thẩm mỹ. Ở không gian này đã xảy ra sự giao lưu giữa phố thị và nông thôn, giữa Hội An với các trung tâm phụ cận, giữa Hội An với bên ngoài.
Những nhà khá giả ở nông thôn vẫn trang hoàng gian thờ này theo kiểu ở nhà phố. Trên các cột trước gian thờ có treo cặp liễn, chạm trổ hoặc khảm. Trước bàn thờ, trên xà có bức hoành, dưới hoành có bức chấn hoặc bức nghi bằng vải, thêu các họa tiết, có các tua rủ xuống. Dưới bức nghi là màn hoặc sáo che kín bàn thờ, chỉ vén lên trong những dịp quan trọng. Dù giàu dù nghèo, người ta vẫn thiết trí ít nhất là 2 án thờ. án thờ phía trên, nơi gần sát nóc nhà để thờ ngũ tự. Bàn thờ tổ tiên đặt phía dưới, lưng quay vào vách, mặt hướng ra ngoài. Những nhà khá giả thường thiết trí bàn thờ tổ tiênthành nhiều cấp, sâu vào bên trong. Các vật dụng thông dụng phối trí trên bàn thờ gồm: Tam sự, ngũ sự, giá ảnh, các bài vị, quả đựng trầu cau, liễn thờ... Nhà nghèo ít nhất cũng có vò nhang, chân đèn bằng gốm, sứ. Sau này có thêm đồ thiếc.

Ở phố thị, không gian linh thiêng được bố trí ở những vị trí trang trọng nhất trong gia đình, thường ở giữa gian chính, trên khuôn cụi hoặc gác xép. Đó là nơi thờ tổ tiên, thờ các vị thần bảo hộ về nghề nghiệp và gia đình. Tính chất tín ngưỡng về cơ bản giống với cư dân nông nghiệp. Trong khu vực nhà ở phố thường có nhiều điểm thờ cúng, ngoài bàn thờ tổ tiên gia tộc, nơi được chú trọng bậc nhất, còn có các khóm thờ Tài thần, đặt dưới đất ở gian giữa, khóm thờ Thổ thần ở sân trời, khóm thờ thần giếng, thần bếp. Các khóm thờ đều có bài vị ghi bằng Hán tự. Bên cạnh đó còn có một số điểm thờ cúng ảnh hưởng Trung Hoa như án thờ Thiên Hậu Thánh Mẫu, Quan Thánh Đế Quân, Thái Thượng Lão Quân... Một số nhà còn có bàn thờ hoặc án thờ Phật Quan Âm, Phật Tam Thế, Đức Thánh Trần.... Dù như thế nào, không gian linh thiêng vẫn là nơi thể hiện tập trung đời sống tinh thần của chủ nhân, nơi được chủ nhân quan tâm hơn cả. Cốt cách dân tộc biểu lộ qua hiện tượng, dù ở đâu, làm nghề gì, hoàn cảnh sống ra sao, cư dân địa phương vẫn dành một khoảng không gian, thời gian nhất định chăm lo đời sống tinh thần, để nhớ về cội nguồn và tri ân những người đi trước.Việc bài trí ở không gian linh thiêng cũng phần nào thể hiện được thị hiếu thẩm mỹ của chủ nhân. ở đây xuất hiện xu hướng vừa muốn tách biệt không gian linh thiêng thành một nơi riêng, vừa muốn hòa nhập nó vào mọi sinh hoạt tinh thần hàng ngày. Do đó, không gian này vừa có màu sắc linh thiêng, vừa gần gũi, gắn bó. Chủ nhân dành nhiều công sức, thời gian để bài trí nơi đây thật trang nghiêm, rực rỡ, xem việc làm này là niềm vui, niềm tự hào. Bàn thờ, án thờ được chạm trỗ công phu, sơn son thiếp vàng. Màu chủ đạo ở không gian linh thiêng là màu đỏ. ở vùng nông thôn dân gian lại thích màu vàng hơn. Điều này nói lên sự chuyển hóa về thị hiếu, về tín ngưỡng, kết quả của sự giao lưu với văn hóa bên ngoài, nhất là Trung Hoa. Vật trang trí gồm có nghi, chấn, sáo, màn thờ, tranh thờ, kết hợp với các vật thờ tự như tam sự, ngũ sự, chuông, bình hoa, đồ gốm, sứ quí... Liễn thờ ở không gian linh thiêng thường là liễn chữ, sử dụng phổ biến 3 màu đen, đỏ, vàng. Nghi, chấn bằng vải quí thêu chỉ màu, thường màu vàng, nền đỏ. Mô típ thêu phổ biến: Tam đa (chữ hoặc hình người), tứ linh, loan phụng hòa minh, lưỡng long triều nguyệt, hoa cúc, hoa sen.
Để khu biệt không gian linh thiêng, ngoài việc bố trí án thờ, bàn thờ sao cho trang nghiêm, dùng các màu đen, đỏ, vàng để tăng tâm lý kính trọng, chủ nhân còn biết sử dụng ánh sáng để tạo nên không gian mờ ảo, huyền bí ở khu vực này. Bằng những vách ngăn, màn vải, kết hợp với luồng ánh sáng chiếu từ cửa sổ trời trên mái nhà xuống, làm thế nào cho không gian linh thiêng không quá tối như ở một số buồng chứa hàng, cũng không quá sáng như ở sân trời, hàng hiên. Cảm giác mờ ảo do ánh sáng tạo ra là một trong những yếu tố tăng cường lòng sùng tín cũng như sự ngưỡng mộ. Dù được bài trí như thế nào, không gian linh thiêng vẫn là nơi được coi trọng bậc nhất trong mỗi gia đình. Ngày trước nơi này thường cấm kỵ phụ nữ qua lại, do đó các cửa gian giữa được đóng kín, chỉ mở trong những dịp cúng giỗ hoặc lễ tết. Ở nhà tre người ta thường che phên liền ở gian giữa, chỉ mở cửa hai bên.
Hiện nay, một thực trạng rất đáng lo ngại là, dưới tác động của nhu cầu mở rộng diện tích buôn bán, dịch vụ, nhất là ở các nhà phố nên không gian linh thiêng gắn với đời sống tinh thần, tâm linh của nhiều thế hệ trong các gia đình đã từng ngày bị thu hẹp dần. Điều này dễ dẫn đến nguy cơ mai một dần nếp sống truyền thống của cư dân địa phương nói riêng, phần hồn, phần tinh túy trong giá trị văn hóa của di sản văn hóa Hội An nói chung.